В ходе отражения двух воли монгольского нашествия усилились феодалы Юго-Западной Японии. Началась эпоха 2-го сё — гуната — Асикага и одновременно Северных и Южных династий, поскольку юго-западные феодалы объявили императором своего ставленника.
В эпоху Муромати, названную по новой столице близ Киото, хотя и существовало номинальное единство, господствовали феодальные князья, почти независимые от центра.
В 1401 г. возобновились дипломатические отношения с Китаем. Борьбу за объединение страны начал Ода Нобунага, который в 1573 г. ликвидировал власть последнего сёгуна из дома Асикага. Его преемник Тоётоми Хидэёси подорвал военную мощь феодалов. В 1592—1593 и 1597—1598 гг. Тоётоми Хидэёси провел два неудачных похода в Корею.
В XIV—XV вв. происходит известное слияние аристократии и военных феодалов в Киото — центре культурной жизни. Ведущим духовным течением становятся религиозная проповедь и учение о совершенном человеке секты Дзэн. Наряду с этим замечается повышенный интерес к синтоизму.
В период раннего Муромати, особенно при сёгуне Асикага Есимицу, сложилась культура Китаяма, получившая название по месту, где располагалась загородная вилла Есимицу. Эту культуру характеризовали сочинения пяти дзэн — ских монастырей, расцвет театрализованных представлений, стихосложения, монохромной живописи тушью. После объединения Северных и Южных династий культура Китаяма влилась в общий поток.
